2. Infrastructure de la biobanque (BaHOP, BISKIDS & BIOLINK)
L’importance croissante des biobanques pour la recherche est indéniable. Les registres liés aux biobanques tiennent un rôle important dans le développement de la recherche sur le cancer, en générant une ressource de haute qualité avec une annotation clinique des échantillons biologiques pertinents. À cela s’ajoute la demande croissante pour que les biobanques fournissent des échantillons de haute qualité et aillent au-delà de la connaissance précise de l’emplacement des échantillons. Pour pallier au manque d’échantillons de qualité avérée pour l’étude des maladies onco-hématologiques, l’Unité d’Oncologie et Hématologie Pédiatriques (UOHP) des Hôpitaux universitaires de Genève (HUG) a fondé en 2016, la Banque genevoise pédiatrique pour la recherche en onco-hématologie (BaHOP). La BaHOP a été créée pour promouvoir la recherche afin d’améliorer la prévention, le diagnostic et la thérapie dans le domaine de l’oncologie, l’hématologie et l’immunologie des maladies pédiatriques.
Méthode :
La BaHOP est composée de : 1) la division internationale, dédiée à la collecte et au stockage des échantillons et des données cliniques associées de patients inscrits dans des sous-études liées à la pharmacogénomique ; 2) la division locale, qui collecte les données cliniques et le matériel biologique des patients traités dans l’unité d’onco-hématologie des HUG ; 3) la division nationale avec BISKIDS (Germline DNA Biobank Switzerland for Childhood Cancer and Blood Disorders), créée en 2018, pour permettre la collecte d’ADN germinal chez tous les enfants suisses ayant survécu à un cancer et relier ces échantillons biologiques à leurs données cliniques respectives gérées par le Groupe de recherche sur le cancer de l’enfant (GRC) de l’Institut de médecine sociale et préventive (ISPM) de l’Université de Berne.
Résultats :
Dans le cadre de la BaHOP, nous avons collecté à ce jour plus de 8783 aliquotes d’échantillons individuels provenant de plus de 2767 patients (y compris les participants aux études complémentaires PGX de ALL SCTped FORUM et MyeChild01). Les données cliniques sont centralisées dans notre système de gestion de l’information de la biobanque (BIMS) pour les patients traités à l’UOHP des HUG et pour les patients inscrits à des sous-études d’essais cliniques internationaux. Pour les patients inclus dans le projet BISKIDS, la collecte des données cliniques est centralisée à l’ISPM de l’Université de Berne. De plus, nous avons construit la première plateforme informatique nationale pour relier ces ressources. En reliant les données conservées par l’ISPM aux informations relatives aux biobanques des participants à BISKIDS, nous réduisons les redondances et améliorons la qualité des données de manière durable. Chaque ressource sera gérée indépendamment sur son propre serveur. Un ensemble minimal de données essentielles sera échangé par le biais d’une interface centrale à l’ISPM de l’Université de Berne. Ce Trust Center est géré par un organisme indépendant, non impliqué dans la recherche, le Swiss Research Data Linkage (SwissRDL) à l’ISPM. Le couplage sera effectué sous un ID BioLink unique basé sur des codes générés par les partenaires.
Une étape importante en 2020-2021 a été franchie avec l’obtention du label d’accréditation VITA de la Plateforme Suisse des Biobanques (SBP), qui certifie le respect du cadre légal applicable à la recherche impliquant des êtres humains.
En 2023, la BaHOP a reçu le label NORMA délivré par la SBP, qui garantit la qualité des processus opérationnels (collecte, transport, réception, traitement, stockage, distribution) et l’harmonisation des pratiques au niveau suisse. Sur les 13 biobanques genevoises, la BaHOP peut se prévaloir d’être la 2ème biobanque à obtenir cette appellation sur les 4 accréditées. Tandis qu’au niveau national, seules 34 biobanques sont certifiées sur 92. L’obtention de l’accréditation SBP a permis à la BaHOP d’être listée et présente sur le répertoire SBP biobankSQAN. De plus, grâce à la collaboration de la SBP avec le consortium européen de biobanques « Biobanking and BioMolecular resources Research Infrastructure – European Research Infrastructure Consortium for Biobanking » (BBMRI-ERIC), la BaHOP est actuellement présente sur le répertoire international BBMRI. Les membres de la biobanque ont également participé activement l’an dernier à différentes conférences, par le biais d’un poster ou d’une présentation orale. Actuellement, la BaHOP soutient quatre projets de recherche (dont l’étude GECCOS), trois d’entre eux avec des ressources locales et un projet international avec des ressources recueillies par la collection BISKIDS.