m) Projet GECCOS – BISKIDS
Risques génétiques de complications dans les cancers de l’enfant en Suisse (GECCOS) – Biobanque d’ADN germinal pour le cancer et les troubles sanguins chez l’enfant (BISKIDS)
Introduction :
Le projet Le projet GECCOS (Genetic risks for Childhood Cancer Complications in Switzerland) vise à identifier les variants génétiques qui favoriseraient le développement de complications chez les enfants ayant eu un cancer. En effet, un large éventail de complications aiguës et chroniques est lié aux cancers et à ses traitements. Il existe toutefois d’importantes différences interindividuelles dans le type et la gravité des complications associées à des traitements anticancéreux similaires. Les variations génétiques influent sur certaines complications et joueraient un rôle important dans bon nombre de ces différences.
Le projet GECCOS se concentre sur des complications chez les enfants survivants du cancer en Suisse (CCS), pour lesquelles les prédicteurs génétiques n’ont pas encore été complètement identifiés, à savoir : 1) le dysfonctionnement pulmonaire, associé à divers traitements de chimiothérapie et radiothérapie au niveau de la poitrine, et qui entraîne des taux d’hospitalisation plus élevés et une mortalité accrue ; 2) la perte d’audition due à la chimiothérapie au platine et qui, même légère, affecte la santé et la qualité de vie à long terme des CCS ; 3) les deuxièmes cancers primaires, associés à diverses chimiothérapies et à l’exposition à la radiothérapie, et qui contribuent à une surmortalité et à une morbidité importante ; 4) les complications cardiaques, qui sont une des causes les plus fréquentes de morbidité dans les survivants et qui peuvent être améliorés si détecté précocement et traité.
Cette étude a pour objectif, dans un premier temps, d’identifier les patients atteints d’un cancer et les survivants qui présentent un risque accru pour ces complications en fonction de critères personnels et cliniques (tels que l’exposition au traitement ou le diagnostic spécifique du cancer primaire), puis d’effectuer des études d’association génotype-phénotype afin d’identifier les variants génétiques associés à ces complications. L’identification des marqueurs génétiques pour chaque patient survivant d’un cancer permettra ainsi d’établir une meilleure estimation du risque de développer des complications et une prise en charge personnalisée au niveau du traitement et du suivi. Nous disposerons de données phénotypiques et génotypiques de haute qualité sur une population suisse très bien décrite. Une telle analyse n’a pas encore été conduite à l’échelle nationale en Suisse.
Méthode :
Les données cliniques de patients suisses atteints de cancer infantile seront obtenues auprès de l’Institut de médecine sociale et préventive de Berne (ISPM), plus particulièrement dans le cadre de différents projets de suivi dans les hôpitaux du groupe suisse d’oncologie pédiatrique, qui collectent les données de patients diagnostiqués depuis janvier 1976, mais également auprès d’autres établissements de santé effectuant des tests de résultats fonctionnels (par exemple des tests auditifs par les sociétés d’appareils auditifs). Les échantillons et les données génétiques germinales des mêmes patients seront obtenues auprès de la Biobanque genevoise d’hématologie et d’oncologie en pédiatrie (BaHOP) par le projet BISKIDS associé (biobanque d’ADN germinale pour le cancer et les troubles sanguins chez l’enfant). Des études d’association entre les variants génétiques et les données cliniques d’intérêt seront réalisées sur des gène candidats basées sur des hypothèses scientifiques ou soit sur une approche sans hypothèse à l’échelle de l’exome ou du génome complet. Toutes les associations significatives seront reproduites dans des cohortes indépendantes.
Résultats :
Jusqu’à présent, BISKIDS a collecté plus que 600 échantillons depuis le début de la collecte d’ADN germinal à l’échelle nationale en septembre 2019. Une interface sécurisée a été mise en place pour relier les échantillons et les données cliniques entre eux et sera intégrée au projet national de liaison du Fonds national suisse de la recherche (FNS) – BioLink métabanque. La collecte d’ADN germinal est en cours pour les patients à risque de troubles pulmonaires et cardiaques dans toute la Suisse. Un projet visant l’amélioration de l’identification de patients à risque de seconds cancers a été approuvé en 2023 et est en cours de préparation.
Les analyses sont effectuées en collaboration avec l’ISPM et le Genome Center Geneva. L’ensemble des données cliniques de plus que 200 patients avec perte auditive a été préparé afin d’effectuer une première analyse génotype-phénotype en utilisant une approche de gène candidat chez ces patients. Par ailleurs, dans le cadre d’une collaboration internationale avec la France, nous avons contribué au séquençage de 12 patients, dont 6 atteints d’un second cancer de la thyroïde. Ces données sont en train d’être analysées.